Известно свидетельство друзей Уокеров о том, как много времени Кук проводил за книгами. Свободное от работы время он посвящал изучению географии, навигации, математики, астрономии, также его интересовали описания морских экспедиций. Известно, что Кук оставил Уокеров на два года, которые провел на Балтике и у восточного побережья Англии, однако вернулся по просьбе братьев помощником капитана на «Френдшип».
Через три года, в 1755 году, Уокеры предложили ему принять командование над «Френдшип», однако Кук отказался. Вместо этого 17 июня 1755 года он записался матросом в Королевский военно-морской флот и спустя 8 дней получил назначение на 60-пушечный корабль «Игл». Этот факт в его биографии приводит в недоумение некоторых исследователей — неизвестны причины, по которым Кук предпочел тяжёлый матросский труд капитанской должности в торговом флоте. Но уже через месяц после поступления Кук становится боцманом.